Sebagai seorang analis data, kita seringkali menghadapi masalah dalam mengubah rownames pada object Seurat. Pada awalnya, kita dapat menggunakan perintah GetAssayData(sc, assay = "RNA", slot = "counts") dan kemudian mengganti nama baris dengan perintah colnames(counts) <- newid. Namun, pada Seurat v5, kita harus memperbarui kode untuk membuatnya berfungsi dengan baik.

Berikut adalah contoh fungsi convertRownames yang dapat membantu dalam mengubah rownames:

convertRownames <- function(seu_object) {
 lookup <- homologene::mouse2human(rownames(seu_object), db = homologene::homologeneData2)
 new_rownames <- lookup$humanGene[match(rownames(seu_object), lookup$mouseGene)]
 rownames(seu_object@assays$RNA@counts) <- new_rownames
 rownames(seu_object@assays$RNA@data) <- new_rownames
 #remove columns with NA
 features_keep <- rownames(seu_object)[!is.na(rownames(seu_object))]
 obj_new <- subset(seu_object, features = features_keep)
 rownames(obj_new@[email protected]) <- rownames(obj_new)
 return(obj_new)
}

Fungsi ini menggunakan perintah mouse2human dari paket Homologene untuk mengubah nama baris dari mouse ke human. Kemudian, fungsi ini mengganti nama baris pada object Seurat dengan nama baris baru.

Namun, perlu diingat bahwa Anda harus memperbarui kode jika Anda memiliki data yang sudah ter-scaled atau memiliki assay lainnya selain RNA. Selain itu, Anda juga perlu memperbarui kode jika Anda ingin mengganti nama baris pada object Seurat v5.

Saya harap artikel ini dapat membantu Anda dalam mengatasi masalah rownames pada Seurat v5.