Dalam pelaksanaan fungsi pengawasan, Badan Pajak tidak mengalami kesulitan dalam melaksanakan fungsi pengawasannya. Namun, pada kenyataannya banyak Pengusaha Kecil Menengah (PKP) yang mengajukan permohonan agar dapat menggunakan metode "QQ" pada Faktur Pajak Standar dengan alasan kepraktisan.

Faktanya, harga yang diajukan kontraktor utama kepada pemilik proyek adalah sama dengan harga yang diajukan oleh Sub Kontraktor kepada Kontraktor Utama (tidak terdapat perubahan harga, Kontraktor Utama hanya mendapat komisi saja). Oleh karena itu, metode "QQ" pada faktur pajak dapat diterapkan dengan ketentuan sebagai berikut:

Faktur Pajak Keluaran

Faktur Pajak Keluaran diterbitkan oleh Sub Kontraktor, pada kolom "Pembeli BKP/Penerima JKP" agar dicantumkan "Nama Kontraktor Utama qq Nama Pemilik Proyek". Alamat dan NPWP pada Faktur Pajak dicantumkan Nama dan Alamat Pemilik Proyek. Asli lembar kesatu Faktur Pajak tersebut hanya untuk Pemilik Proyek, sehingga yang berhak mengkreditkan Pajak Masukannya adalah Pemilik Proyek.

Surat Setoran Pajak (SSP)

PPN dipungut dan disetor oleh Pemilik Proyek selaku Badan Pemungut untuk dan atas nama Sub Kontraktor. Pada SSP, dicantumkan "Nama Kontraktor Utama qq Nama Sub Kontraktor". Alamat dan NPWP dicantumkan Alamat dan NPWP Sub Kontraktor. Sedangkan NPWP Kontraktor Utama dicantumkan di bawah kotak NPWP. Kolom KPP pada sudut kiri atas SSP dicantumkan KPP tempat Sub Kontraktor terdaftar/dikukuhkan. SSP lembar kesatu hanya untuk Sub Kontraktor.

Kontraktor Utama sebagai Agen

Kontraktor Utama selaku agen tidak berhak mengkreditkan atau meminta restitusi atas PPN yang dipungut oleh Pemilik Proyek selaku pemungut PPN untuk dan atas nama Sub Kontraktor. Pajak Masukan yang dapat dikreditkan oleh Kontraktor Utama selaku agen hanya yang berhubungan langsung dengan jasa keagenan.

Wajib Memungut PPN

Kontraktor Utama selaku agen wajib memungut PPN dan membuat Faktur Pajak atas penyerahan jasa keagenan sebesar 10% dari komisi yang diterima, dan menyetorkan serta melaporkannya sesuai dengan ketentuan yang berlaku (mekanisme biasa).

Pencabutan Peraturan

Pada tanggal 29 Agustus 2008 melalui Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-47/PJ/2008, peraturan mengenai "Kontrak kerja yang disubkan kepada pihak ketiga karena pihak utama selaku penandatangan kontrak tidak memiliki kemampuan secara langsung melaksanakan proyek dalam kontrak kerja" dicabut dan dinyatakan tidak berlaku lagi.

Namun, pada SE-47/PJ/2008 mengenai pencabutan peraturan terkait dengan penggunaan metode "QQ", walupun tidak secara eksplisit disebutkan mengenai pencabutan SE-10/PJ.42/1994 atas metode qq dalam transaksi sewa guna usaha dengan hak opsi serta KMK-Nomor: 539/KMK.04/1990 mengenai penggunaan qq pada impor inden.

Menurut hemat kami, pada dasarnya pihak Direktorat Jenderal Pajak bermaksud untuk mencabut semua peraturan yang mengatur mengenai penggunaan faktur pajak dengan metode "QQ" dalam rangka mendukung terciptanya good governance. Oleh karena itu, jika kita menemukan transaksi dimana akan diterapkan metode "QQ" pada faktur pajak, maka lebih baik menggunakan peraturan yang baru dan mengikuti ketentuan yang berlaku.