Pada artikel ini, kita akan membahas tentang plot Chi-squared dan bagaimana menggunakan fungsi snpStats dalam R untuk membuat plot tersebut.

Plot Chi-squared digunakan untuk menganalisis distribusi chi-squared yang diperoleh dari percobaan statistik. Plot ini dapat membantu kita dalam menentukan apakah data kita sesuai dengan hipotesis nol atau tidak.

Menggunakan Fungsi snpStats

Fungsi snpStats adalah sebuah fungsi yang digunakan untuk membuat plot Chi-squared dan mengestimasi faktor dispersi. Fungsi ini memerlukan beberapa argumen, seperti vektor nilai chi-squared, derajat kebebasan, dan sebagainya.

Contoh penggunaan fungsi snpStats adalah sebagai berikut:

library(snpStats)

x <- rchisq(500, df = 3) # Generate chi-squared values with 3 degrees of freedom
main <- "Chi-Squared Plot"
sub <- "Observed vs Expected"

snpStats(x, df, main = main, sub = sub)

Fungsi snpStats juga mempunyai beberapa argumen opsional yang dapat digunakan untuk mengubah tampilan plot. Beberapa contoh adalah sebagai berikut:

• x.max: Nilai maksimum yang akan digunakan sebagai batas atas pada plot.
• oor.pch: Simbol yang akan digunakan untuk nilai chi-squared yang lebih besar dari x.max.
• col.shade: Warna yang akan digunakan untuk area probabilitas.

Menambahkan Garis Q-Q

Untuk menambahkan garis Q-Q (quantile-quantile) pada plot, kita dapat menggunakan fungsi qqplot dan qqline dari paket mgcviz.

Contoh penggunaan adalah sebagai berikut:

library(mgcViz)

y <- rchisq(500, df = 3)
qqplot(qchisq(ppoints(500), df = 3), y, main = "Q-Q Plot")

Dengan menggunakan fungsi qqline, kita dapat menambahkan garis Q-Q ke plot dan memperlihatkan intercept dan slope dari garis tersebut.

** Kesimpulan**

Dalam artikel ini, kita telah membahas tentang plot Chi-squared dan bagaimana menggunakan fungsi snpStats dalam R untuk membuat plot tersebut. Kita juga telah menambahkan garis Q-Q ke plot dengan menggunakan fungsi qqplot dan qqline. Dengan menggunakan plot Chi-squared dan Q-Q, kita dapat menganalisis distribusi chi-squared yang diperoleh dari percobaan statistik dan memperlihatkan intercept dan slope dari garis Q-Q.