Dalam praktiknya, tidak jarang pihak-pihak yang mengajukan permohonan untuk menggunakan metode "QQ" dalam faktur pajak standar. Alasan mereka biasanya adalah kepraktisan dan karena harga yang diajukan kontraktor utama kepada pemilik proyek sama dengan harga yang diajukan sub kontraktor kepada kontraktor utama, tidak terdapat perubahan harga, hanya mendapat komisi saja.

Dalam hal ini, metode "QQ" pada faktur pajak dapat diterapkan dengan ketentuan sebagai berikut:

1. Faktur Pajak Keluaran

Faktur pajak keluaran harus diterbitkan oleh sub kontraktor dan dicantumkan nama kontraktor utama "qq" nama pemilik proyek pada kolom "Pembeli BKP/Penerima JKP". Alamat dan NPWP harus dicantumkan nama dan alamat pemilik proyek. Asli lembar kesatu faktur pajak tersebut hanya untuk pemilik proyek, sehingga yang berhak mengkreditkan pajak masukannya adalah pemilik proyek.

2. Surat Setoran Pajak (SSP)

PPN harus dipungut dan disetorkan oleh pemilik proyek selaku badan pemungut untuk dan atas nama sub kontraktor. Pada SSP, dicantumkan "Nama Kontraktor Utama qq Nama Sub Kontraktor". Alamat dan NPWP harus dicantumkan alamat dan NPWP sub kontraktor. Sedangkan NPWP kontraktor utama harus dicantumkan di bawah kotak NPWP. Kolom KPP pada sudut kiri atas SSP harus dicantumkan KPP tempat sub kontraktor terdaftar/dikukuhkan. SSP lembar kesatu hanya untuk sub kontraktor.

3. Kontraktor Utama sebagai Agen

Kontraktor utama selaku agen tidak berhak mengkreditkan atau meminta restitusi atas PPN yang dipungut oleh pemilik proyek selaku pemungut PPN untuk dan atas nama sub kontraktor. Pajak masukan yang dapat dikreditkan oleh kontraktor utama selaku agen hanya yang berhubungan langsung dengan jasa keagenan.

4. Kontraktor Utama sebagai Agen

Kontraktor utama selaku agen wajib memungut PPN dan membuat faktur pajak atas penyerahan jasa keagenan sebesar 10% dari komisi yang diterima, dan menyetorkan serta melaporkannya sesuai dengan ketentuan yang berlaku (mekanisme biasa).

Dalam prakteknya, peraturan mengenai kontrak kerja yang disubkan kepada pihak ketiga karena pihak utama selaku penandatangan kontrak tidak memiliki kemampuan secara langsung melaksanakan proyek dalam kontrak kerja telah dicabut dan dinyatakan tidak berlaku lagi.

Pada tanggal 29 Agustus 2008, melalui Surat Edaran Direktur Jenderal Pajak Nomor SE-47/PJ/2008 peraturan mengenai "Kontrak kerja yang disubkan kepada pihak ketiga karena pihak utama selaku penandatangan kontrak tidak memiliki kemampuan secara langsung melaksanakan proyek dalam kontrak kerja" dicabut dan dinyatakan tidak berlaku lagi.

Dalam hal ini, pencabutan peraturan terkait dengan penggunaan metode "QQ" walupun tidak secara eksplisit disebutkan mengenai pencabutan SE-10/PJ.42/1994 atas metode qq dalam transaksi sewa guna usaha dengan hak opsi serta KMK-Nomor: 539/KMK.04/1990 mengenai penggunaan qq pada impor inden.

Namun, menurut hemat kami bahwa pada dasarnya pihak Direktorat Jenderal Pajak bermaksud untuk mencabut semua peraturan yang mengatur mengenai penggunaan faktur pajak dengan metode QQ dalam rangka mendukung terciptanya good governance. Sehingga, jika kita menemukan transaksi dimana akan diterapkan metode "QQ" pada faktur pajak, lebih baik mengikuti aturan yang berlaku dan tidak mengabaikan peraturan tersebut.

Dengan demikian, penting bagi kita untuk memahami ketentuan-ketentuan mengenai penggunaan metode "QQ" dalam faktur pajak standar dan mengikuti aturan yang berlaku.