Dalam artikel ini, kami akan membahas pengkloning dan validasi fungsional gen VrPR kacang hijau (Vigna radiata). Hasil penelitian menunjukkan bahwa ORF dari VrPR mengandung 1200 bp, dengan 399 asam amino yang dienkod. Analisis bioinformatika menunjukkan bahwa protein VrPR termasuk superfamily Rossmann NADB, salah satu protein hidrofilik non-transmembrane.

VrPR diyakini memiliki 44 situs phosphorylasi amino dan terletak dalam kloroplas. Struktur sekunder VrPR terdiri dari coil acak, heliks α, sudut β, dan rantai panjang, semua sesuai dengan struktur tersier yang diantisipasi.

Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa gen PR soybean (Glyma.12G222200) dan VrPR sangat terkait. Selain itu, penelitian ini juga menemukan bahwa kandungan klorofil daun meningkat secara signifikan dalam Arabidopsis ketika VrPR di-overexpress.

Berdasarkan hasil penelitian ini, kami berharap dapat menjadi referensi untuk penelitian fungsional lanjut tentang gen PR di mung bean. Hasil penelitian ini juga menunjukkan pentingnya pengkloning dan validasi fungsional gen VrPR kacang hijau dalam memahami fungsi protein ini.

Latar Belakang

Gen PR (pathogenesis-related) adalah kelompok gen yang terkait dengan respons tanaman terhadap stres, termasuk stress biotik dan abiotik. Dalam beberapa tahun terakhir, telah dilakukan penelitian tentang gen PR di berbagai spesies tumbuhan, tetapi masih banyak hal yang belum diketahui tentang fungsi protein ini.

Metode

Penelitian ini dilakukan dengan mengkloning dan men-overexpress VrPR di Arabidopsis thaliana. VrPR diisolasi dari mung bean dan disisipkan ke plasmid pET-30a untuk mendapatkan rekombinan yang sesuai. Selanjutnya, rekombinannya di-transfect ke Arabidopsis thaliana dengan menggunakan metode Agrobacterium-mediated transformation.

Hasil

Analisis bioinformatika menunjukkan bahwa VrPR termasuk superfamily Rossmann NADB, salah satu protein hidrofilik non-transmembrane. Struktur sekunder VrPR terdiri dari coil acak, heliks α, sudut β, dan rantai panjang.

Analisis pohon filogenetik juga menunjukkan bahwa gen PR soybean (Glyma.12G222200) dan VrPR sangat terkait. Selain itu, penelitian ini juga menemukan bahwa kandungan klorofil daun meningkat secara signifikan dalam Arabidopsis ketika VrPR di-overexpress.

Kesimpulan

Pengkloning dan validasi fungsional gen VrPR kacang hijau membantu memahami fungsi protein ini lebih baik. Hasil penelitian ini juga menunjukkan pentingnya pengkloning dan validasi fungsional gen PR di mung bean untuk memahami respons tanaman terhadap stres.

Referensi

Huang, et al. (2023). Cloning and Functional Validation of Mung Bean VrPR Gene. [Open Access].